Музеят се ръководи от директор, който представлява музея пред всички държавни органи, физически и юридически лица в страната и чужбина, координира и контролира цялостната дейност на музея.
Основните дейности на музея са опазването и представянето на движими и недвижими културни ценности. За осъществяването на своите основни дейности музеят осъществява следните основни функции: издирване, събиране, документиране, опазване, научно изследване и популяризиране на движими културни ценности. Извършва научноизследователска дейност, подчинена на основната му дейност, организира и провежда научни форуми. Издава научни, научно – популярни и рекламни материали.
ИМ – Батак съхранява във фондовете си десетки хиляди движими културни ценности.
Чрез своите експозиции, постоянни и временни музеят се старае да задоволи потребностите от висококачествен културен продукт според многообразните интереси на многобройната музейна публика. Организира постоянни и временни експозиции като представя различни теми от богатото многообразно наследство в община Батак.
Исторически музей – Батак е културен и образователен център, който координира дейностите на територията на общината, свързани с представянето на богатото културно – историческото наследство на региона и природните ресурси, като мощен интелектуален потенциал за развитието на културен и специализиран туризъм, характерен за страните с устойчиво развитие.
В съответствие с тематичния си обхват и формираните фондове структурата на музея включва специализирани отдели и администрация.